4.2 生态补偿的主体和补偿原则
生态补偿主体应根据利益相关者在特定生态保护/破坏事件中的责任和地位加以确定；生态补偿的付费和补偿可根据下面三个原则确定。
4.2.1破坏者付费原则
破坏者付费原则（简称DPP），主要针对行为主体对公益性的生态环境产生不良影响从而导致生态系统服务功能的退化的行为进行的补偿。这一原则适用于区域性的生态问题责任的确定。
4.2.2使用者付费原则
生态资源属于公共资源，具有稀缺性应该按照使用者付费原则，由生态环境资源占用者向国家或公众利益代表提供补偿。该原则可应用在资源和生态要素管理方面，如占用耕地、采伐利用木材和非木质资源、矿产资源开发，企业在取得资源开发权时，需要向国家交纳资源占用费。
4.2.3受益者付费原则
在区域之间或者流域上下游间，应该遵循受益者付费原则，即受益者应该对生态环境服务功能提供者支付相应的费用。如对国家生态安全具有重要意义的大江大河源头区、防风固沙区、洪水调蓄区等区域的保护与建设，国家级自然保护区与国家级地质遗迹或自然与文化遗产的保护，受益范围是整个国家乃至世界，国家应当承担其保护与建设的主要责任。同时，国际社会亦应承担相应责任。区域或流域内的公共资源，由公共资源的全部受益者按照一定的分担机制承担补偿的责任。
4.2.4保护者得到补偿原则
对生态建设的保护做出贡献的集体和个人，对其投入的直接成本和丧失的机会成本应给予补偿和奖励。
4.3 补偿标准确定的方法与依据
生态补偿标准的确定一般参照以下4方面的价值进行初步核算：生态保护者的投入和机会成本的损失；生态受益者的获利；生态破坏的恢复成本；生态系统服务的价值。
4.3.1按生态保护者的直接投入和机会成本计算
生态保护者为了保护生态环境，投入的人力、物力和财力应纳入补偿标准的计算之中。同时，由于生态保护者要保护生态环境，牺牲了部分的发展权，这一部分机会成本也应纳入补偿标准的计算之中。从理论上讲，直接投入与机会成本之和应该是生态补偿的最低标准。
4.3.2按生态受益者的获利计算
生态受益者没有为自身所享有的产品和服务付费，使得生态保护者的保护行为没有得到应有的回报，产生了正外部性。为使生态保护的这部分正外部性内部化，需要生态受益者向生态保护者支付这部分费用。因此，可通过产品或服务的市场交易价格和交易量来计算补偿的标准。
通过市场交易来确定补偿标准简单易行，同时有利于激励生态保护者采用新的技术来降低生态保护的成本，促使生态保护的不断发展。
4.3.3按生态破坏的恢复成本计算
资源开发活动会造成一定范围内的植被破坏、水土流失、水资源破坏、生物多样性减少等，直接影响到区域的水源涵养、水土保持、景观美化、气候调节、生物供养等生态服务功能，减少了社会福利。因此，按照谁破坏谁恢复的原则，需要通过环境治理与生态恢复的成本核算作为生态补偿标准的参考。
4.3.4按生态系统服务的价值计算
生态服务功能价值评估主要是针对生态保护或者环境友好型的生产经营方式所产生的水土保持、水源涵养、气候调节、生物多样性保护、景观美化等生态服务功能价值进行综合评估与核算。国内外已经对相关的评估方法进行了大量的研究。就目前的实际情况，由于在采用的指标、价值的估算等方面尚缺乏统一的标准，且在生态系统服务功能与现实的补偿能力方面有较大的差距，因此，一般按照生态服务功能计算出的补偿标准只能作为补偿的的参考和理论上限值。
参照上述计算，综合考虑国家和地区的实际情况，特别是经济发展水平和生态破坏，通过协商和博弈确定当前的补偿标准；最后根据生态保护和经济社会发展的阶段性特征，与时俱进，进行适当的动态调整。
4.4 生态补偿的途径与方式
生态补偿的方法和途径很多，按照不同的准则有不同的分类体系。按照补偿方式可以分为资金补偿、实物补偿、政策补偿和智力补偿等；按照补偿条块可以分为纵向补偿和横向补偿；从空间尺度大小可以分为生态环境要素补偿、流域补偿、区域补偿和国际补偿等；而补偿实施主体和运作机制是决定生态补偿方式本质特征的核心内容，按照实施主体和运作机制的差异，大致可以分为政府补偿和市场补偿两大类型。
4.4.1政府补偿方式
根据中国的实际情况，政府补偿机制是目前开展生态补偿最重要的形式，也是目前比较容易启动的补偿方式。政府补偿机制是以国家或上级政府为实施和补偿主体，以区域、下级政府或农牧民为补偿对象，以国家生态安全、社会稳定、区域协调发展等为目标，以财政补贴、政策倾斜、项目实施、税费改革和人才技术投入等为手段的补偿方式。政府补偿方式中包括下面几种：财政转移支付，差异性的区域政策，生态保护项目实施，环境税费制度等。
4.4.2市场补偿机制
交易的对象可以是生态环境要素的权属，也可以是生态环境服务功能，或者是环境污染治理的绩效或配额。通过市场交易或支付，兑现生态（环境）服务功能的价值。典型的市场补偿机制包括下面几个方面：公共支付，一对一交易，市场贸易，生态（环境）标记等。
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